En 1525 la Orden de la Trinidad Calzada solicita la creación de un colegio dedicado a la enseñanza de las artes y la teología, siendo casi ochenta años después cuando se comenzó la construcción del edificio en Alcalá de Henares.

El convento fue fundado en 1601 por el reformador de la orden trinitaria, Juan Bautista de la Concepción, albergando a la vez la función de colegio dentro de la ciudad universitaria de Alcalá de Henares. El propio Juan Bautista había estudiado Teología en Alcalá por lo que era consciente de la importancia que tenía la nueva fundación para la orden en su rama de descalzos.

En el inicio alquilaron una casa pequeña ya que apenas contaban con fondos para llevar a cabo la fundación. En 1604 ya habían comprado otras dos casas en las que instalan el hospicio. Estaban ubicados detrás del Colegio de San Ciriaco y Santa Paula, vulgo de Málaga. En 1624 llegan a entrar en conflico con este colegio pues limitaba su posible ampliación; pero en 1626 llegaron a acuerdo y el Colegio de Málaga les cedería un terreno a cambio de otra parte que ellos tenían. La diferencia era que los trinitarios podían expandirse y aumentar por un lateral su solar lo que les permitiría construir la iglesia. En 1639 el convento esta totalmente levantado e instalado.

En 1649, Octavio Centurión, marqués de Monasterio, asume el patronazgo del Colegio-Convento lo que les permitiría levantar la ansiada iglesia. En 1661 ampliaron los terrenos en la trasera compando varias casas donde crean su propio huerto. El convento ganó mucha fama en la ciudad. Ejercían como colegio, la hospedería y cubrían la función de redención de cautivos para la que había sido creada la orden. Ya en 1839 tuvieron que abandonar el convento tras sufrir los decretos de exclaustración del Ministro Mendizábal.

Desde 1839 se destinó a sede del Colegio del Arma de Caballería. En 1887 es cuartel de caballería y la vivienda del comandante general. Pasará, finalmente, a ser la Comandancia Militar hasta que retorna como edificío útil a la nueva Universidad de Alcalá.

Desde ese momento, en 1978, se ha convertido en la sede del Instituto de Estudios Norteamericanos y del Instituto de Estudios Latinoamericanos (ya en 2007) a la vez que alberga las bibliotecas de Estudios Norteamericanos y la Cervantina, usos que se mantienen en la actualidad.