El convento del Corpus Christi de Segovia, se levanta sobre el edificio de una, de las cinco Sinagogas que existían en la aljama segoviana la «Sinagoga Mayor». Algunos estudiosos apuntan al S.XIII, como momento de construcción, de la sinagoga.

A principios del siglo XV, la sociedad se convulsionó y se alzaron en hostilidades contra los judíos y todos aquellos que no aceptaban el catolicismo. Esto ocasionó que la Sinagoga fuera arrebatada a los judíos y convertida en un templo católico.

Se sabe que funcionó como templo hebreo, y es citada como tal, hasta su confiscación en 1410, y que nueve años después ya estaba consagrada al culto cristiano, nombrada como «iglesia nueva», y en 1428 se la conoce ya bajo la advocación del Corpus Christi.

El obispo de Segovia decidió anexionar la Iglesia del Corpus Christi a la Abadía de canónigos agustinos de Santa María de Párraces, en la localidad del Bercial, en las cercanías de Segovia. Esto ocurrió en 1421.

A finales del S.XV, parece que esta Iglesia sólo representaba gastos para la Abadía.

Así en 1565, la Abadía parracense, que ya era jerónima desde 1510, por diversos conflicto, es disuleta por orden del Papa y a instancias de Felipe II, y la hacen depender del Monasterio del San Lorenzo del Escorial, la Iglesia del Corpus Christi, también pasa a depender de esta institución.

En 1571 el monasterio de San Lorenzo decide vender la Iglesia segoviana, a la familia de Manuel y Antonio del Sello, estos, junto con la mujer de este último, Juana de Tapia, establecen, junto a la Iglesia, un convento de franciscanas clarisas, que mantendría la advocación del Corpus Christi.

El convento se creó para, acoger a aquellas mujeres «arrepentidas del pecado público», según documentación y, que hasta entonces eran acogidas en el Hospital de San Miguel.

Para ello se hicieron con unas casas colindantes a la Iglesia, que según algunos estudios ya eran utilizadas en el siglo anterior por los P.P jerónimos. Así, el 13 de enero de 1572, ingresan en el convento once mujeres, con cuatro maestras y cinco religiosas, llegadas de San Antonio el Real.

Nada más conocemos de la actividad de esta institución, hasta que a finales del S.XIX la desamortización provoca la venta del convento en subasta pública, no así la Iglesia. gracias a la iniciativa y recurso de varios intelectuales segovianos se recupera el edificio y vuelven a él las religiosas.

En 1899, la iglesia y el convento sufre un incendio que prácticamente lo hace desaparecer y, obliga al desalojo de las religiosas.

Aún así, con posterioridad, las monjas conseguirían regresar al cenobio, en 1902, la ciudad de Segovia se encargó de la rehabilitación del convento.

Desde entonces han desarrollan su actividad hasta ahora.

La Iglesia del Corpus Christi, fue declarada monumento, por la Real Academia de Bellas Artes de San Fernando.

El terrible incendio, ocurrido en 1889, redujo el edificio de la sinagoga-Iglesia a sus líneas estructurales. Por ello sólo se mantienen cinco de los arcos originales de las arcadas que separaban las naves, aunque algunos autores opinan que hubo hasta siete de estos arcos. Su estructura era similar a la sinagoga de Santa María la Blanca , de Toledo.

Su orientación hacia el Sur, hacia Córdoba, capital del califato, en lugar de hacia el Este, hacia Jerusalén, ha hecho pensar, a estudiosos, que pudo levantarse sobre una mezquita anterior.

En 2001 el ayuntamiento lleva a cabo un restauración, más profunda, de su interior y en 2004 reabrió sus puertas y es visitable.

Funciona como capilla del convento de las clarisas. Estas religiosas, además de su clausura, gestionan un taller de encuadernación.