Duquesa de Mantua. Hija de Carlos Manuel de Saboya, duque de Saboya, y Catalina Micaela de Austria, hija de Felipe II.

Contrajo matrimonio en 1608 con Francisco IV Gonzaga, duque de Mantua, de quien enviudó en 1612. De la unión solo había sobrevivido una hija, María, a la que se le negó la sucesión al ducado de Mantua por regir la Ley Sálica, y pasó a manos de Vicenzo, hermano de Francisco. Margarita regresó a la corte de Turín, mientras que su hija permaneció en Mantua donde su tío, a espaldas de Madrid y el Imperio, autorizó su enlace con Carlos Gonzaga, duque de Nevers y candidato a la sucesión en el ducado mantuano. Tras la muerte de Vicenzo en 1627 estalló el conflicto, Guerra de Mantua (1627-1631) en la que la Monarquía Hispánica trató de evitar la entrada del ducado dentro de la órbita francesa. No obstante, la falta de apoyo del Imperio, donde el emperador estaba casado con una Gonzaga, y la ayuda francesa, acabaron por hacer triunfar a Nevers, hecho que se materializó en la paz de Cherasco. Margarita regresó a Mantua para acompañar a su hija, ya viuda y madre de un varón. Allí trató de atraer nuevamente al ducado a la órbita española, pero la amenaza de intervención francesa, obligó a una nueva salida de Margarita de Mantua. No regresó a Turín sino que su destino fue el reino portugués, del que se convirtió en virreina. No fue un periodo fácil para ella, teniendo que afrontar las presiones de Madrid para aumentar la fiscalidad con el fin de sufragar la defensa del reino portugués y de sus territorios ultramarinos, toda vez que aumentaban las protestas por estas subidas. Hacia 1638- 1639, ya se pensó en sustituir a la virreina por alguien que pudiera mantener la autoridad regia, pero finalmente el relevo no llegó antes de que una parte de la nobleza lusa proclamase al duque de Braganza como Juan IV de Portugal. Margarita fue retenida en Portugal hasta 1641; una vez liberada trató de llegar enseguida a la corte de Madrid, un hecho que se obstaculizó debiendo permanecer en Ocaña hasta 1643. Ya en Madrid se alojó en el Convento de la Encarnación donde permaneció hasta 1655. En ese año se le concedieron el señorío y rentas de Vigevano en el Milanesado, a donde no pudo llegar ya que falleció durante la Jornada que la devolvía a Italia. Está sepultada en las Huelgas Reales de Burgos.