Hija de Francisco Zapata Castañeda, médico y bacteriólogo sevillano, fundador en México de los Laboratorios del Dr. Zapata, S.A., y de su esposa Carolina Hernández Hernández, emigrantes en México con anterioridad a la Guerra Civil, probablemente en la década de los años 20 del siglo XX. María del Carmen Zapata Hernández, la tercera de los hijos del matrimonio, nació en Coyoacán el 22 de enero de 1924. Aunque ignoramos los motivos, su nacimiento no aparece registrado en el Registro Civil de México hasta el 4 de abril de 1930, fecha de en la que se registró también el de su hermana menor Carolina Victoria, inscripciones en las que actuaron como testigos los hermanos José y Enrique Monroy Benedid, comerciantes naturales de Benavente (Zamora) residentes en Coyoacán. Mediante el Registro Nacional de Extranjeros en México se documentan varios viajes de la familia completa a España después del nacimiento de Carolina Victoria en 1930, con anterioridad a la Guerra Civil. A partir de abril de 1939 la familia debió establecerse de manera definitiva en México. Licenciada en Ciencias Químicas por la UNAM, en 1947 en el número de la revista "Ciencia" su futuro suegro, Candido Bolívar Pieltain destacaba la aportación de uno de sus trabajos, recogido en la publicación periódica. El 17 de mayo de 1947 contrajo matrimonio con su colega José Ignacio Bolívar Goyanes, exiliado en México después de la Guerra Civil y miembro de dos destacadas familias de científicos españoles. Al contraer matrimonio ella ya estaba en poder de la nacionalidad mexicana. Su esposo, sin embargo, todavía mantenía la ciudadanía española. Entre los testigos del matrimonio volvemos a encontrarnos al Dr. Victoriano Mateo de Acosta Arce, paisano y amigo de la familia Zapata, y al destacado químico mexicano Rafael Illescas Frisbie, con el que el marido de Carmen fundaría la Sociedad Química de México. Madre del Dr. Francisco Gonzalo Bolívar Zapata, destacado bioquímico mexicano nacido el 7 de marzo de 1948, al que su madre puso los nombres de sus dos hermanos fallecidos en 1942.