Mercader burgalés, primo materno y estrecho colaborador de Simón Ruiz. Nació en el seno de una familia de mercaderes que formaban parte de la colonia española establecida en Nantes. Hijo de Juan de la Presa, hidalgo originario del Valle de Llodio (Álava) que llegó a Francia hacia 1515, y de Juana de Miranda, llamada también Madame de la Presa, natural de la ciudad pero perteneciente a una familia de mercaderes burgaleses. Fue el menor de cinco hermanos: Isabel, Pedro, Juan (que relevaría a su padre y sería el apoyo de Francisco en Nantes) y Juana Guioma (como su madre). En 1534-1535 sus padres le enviaron junto a su hermano Juan a Mondragón y Vitoria para formarse en la lengua castellana y apoyar los negocios en España, pasando poco después a Bilbao. Se desconoce la fecha en la que se asentó definitivamente en Burgos, donde se casó hacia 1566 con Catalina Flores de Zamora, hija del mercader Miguel de Zamora. Tuvieron cinco hijos: Catalina, Francisca, Juan, Juana y Miguel.

Fue un hombre de gran reputación comercial y la cabeza de los Ruiz en Burgos, con los que formó varias compañías más o menos permanentes, entre ellas la Compañía Universal de Nantes (1571-1577) heredera de la Compañía Vieja. Su actividad se centró en el comercio de telas y trigo. Hacia 1569 hay constancia de que consideraba su compañero a Pero Ruiz (ca. 1548-1581) el hijo de su primo Vítores (?-1566).

Actuó también de forma independiente e intervino en el negocio de impresión y edición de libros, específicamente de libros litúrgicos del llamado "nuevo rezado" promovidos por la reforma de Trento. La imprenta comenzó a funcionar a principios de los años 70, con oficiales venidos de Nantes encabezados por el maestro impresor Matías Marés, y tuvo su sede en Burgos, en la propia casa del mercader. Cerró con motivo de la quiebra de la firma comercial de los Presa, encabezada entonces por su hijo Juan, hecho que ocurre en 1579 poco tiempo después de la muerte de Francisco, ocurrida en mayo de 1576. En 1553 litigó su hidalguía en la Real Chancillería de Valladolid, donde también pleiteó su hijo la liquidación de la firma comercial.

Además de los Archivos del Estado, conservan documentos relativos a Francisco de la Presa, entre otras, las siguientes instituciones:

-Archivo Simón Ruiz, gestionado por la Fundación Simón Ruiz de Medina del Campo.

-Archivo de la Diputación Provincial de Burgos. Fondo Consulado de Burgos.