Secretario del rey. Escribano de cámara y secretario del Consejo de Indias durante el reinado de Carlos V, cumplió un papel relevante en el despacho de los asuntos indianos hasta su muerte en 1558. Señor de Cidamón, Morillas, Subijana y Ormijana. Caballero de la Orden de Santiago. Gentilhombre de boca de su Majestad.

Hijo de Juan Sánchez de Sámano, escribano del número de Santo Domingo de la Calzada (La Rioja), a cuya familia pertenecía la casa torre en el valle del mismo nombre en Cantabria, y de Juana García de Samaniego, cuya familia era de origen navarro, asentados ya por largo tiempo en la ciudad. Sobrino de Pedro de Sámano, secretario del rey Fernando el Católico. Miembro, por tanto, de una familia relacionada con el ejercicio de la fe pública y la actividad administrativa de la Corte, y también una de las más ricas e influyentes de la ciudad.

Se desconoce la fecha de su nacimiento, aunque ya desde 1494 ocupaba el oficio de mayordomo del concejo en Santo Domingo de la Calzada, del que era regidor en 1501. En 1517 se le otorga la merced de la escribanía de las comisiones que se dirigían a los jueces y corregidor de Santo Domingo de la Calzada, lo que ocasionó un pleito con los escribanos de la localidad. Su ascenso administrativo fue rápido en relación con la gestión de los negocios indianos, vinculado primero a Lope de Conchillos en el Consejo real desde 1513 y a partir de 1518 a Francisco de los Cobos, del que llegará a ser hombre de confianza y al que le unirá una estrecha amistad hasta su muerte. El 11 de julio de 1522 recibe el nombramiento de registrador mayor del Consejo de Indias.

Aunque, como ha indicado Margarita Gómez, tardó muchos años en obtener el título formal de secretario del Consejo de Indias, nombramiento que no ocurrió hasta noviembre de 1539, cumplió de forma efectiva esas funciones al menos desde los años veinte del siglo XVI. En recompensa por sus servicios obtuvo muchas de las escribanías que fueron surgiendo en los territorios indianos, que arrendó o ejerció mediante lugartenientes. Desde 1521 hasta su muerte en 1558 acaparó por ese medio todas las escribanías mayores de gobierno de Indias en un singular monopolio que puso ya de manifiesto León Pinelo. En todo caso, como señala la misma autora, Sámano fue mucho más que un oficial de pluma del Consejo, y su poder e influencia alcanzó el máximo nivel en los asuntos indianos.

Se casó en primeras nupcias con Juana González de Castejón, hija de Diego González de Castejón Malo, señor de Castejón (Ágreda), y tuvieron por hijos a Francisco, Alonso, Carlos, Juan Adán, Juana, Ana, Catalina y María. Después de la muerte de Juana de Castejón, que ya había fallecido en los años treinta, se casó por segunda vez con Ana de Mendoza, hija de Álvaro Hurtado de Mendoza y Guzmán, prestamero mayor de Vizcaya, y de María de Rojas, matrimonio por el que obtuvo la titularidad de ese oficio del Señorío de Vizcaya. Tuvieron por hijos a Luis e Isabel Juliana.

Acumuló una gran cantidad de bienes y mercedes, con parte de los cuales fundó un primer mayorazgo el 28 de septiembre de 1537 en el que incluyó el extraño privilegio de todas las venas de oro, plata, piedras, perlas, metales y hierro descubiertas o por descubrir en el obispado de Burgos. Solo una anécdota entre los muchos privilegios y prebendas que recibió en España e Indias. En la Corte de Valladolid, Sámano era propietario de la mayoría de los edificios civiles situados en una calle aneja a la Real Chancillería, que llevó por ello su nombre.

Murió en Valladolid el 4 de diciembre de 1558, y se mandó enterrar en la capilla renacentista que lleva su nombre en trascoro de la Catedral de Santo Domingo de la Calzada, obra notable que mandó hacer a partir del sencillo panteón familiar donde se enterraron sus padres, estudiada por Aurelio Barrón. Su herencia y mayorazgo ocasionaron varios conflictos judiciales que se conservan en el Archivo de la Real Chancillería de Valladolid, donde litigó también otros pleitos en vida.

No debe confundirse con otro Juan de Sámano, familiar homónimo, quizás primo hermano, que participó en la conquista de México junto a Hernán Cortés y en el levantamiento, construcción y gobierno de la ciudad, de la que llegó a ser alguacil mayor.