Se cree que su fundación data del siglo IX, pocos años después del descubrimiento, según la tradición, de los restos del Apóstol y del origen de la actual ciudad de Santiago. En sus primeros años se organizó como una iglesia rural anexa a la Catedral de Santiago. El nombre de Fóra le viene precisamente por encontrarse a las afueras de la ciudad y para distinguirlo del de Ante Altares que se encontraba dentro.

Una vez establecida en ella la comunidad benedictina tuvo varios prioratos agregados, entre los que se encontraba el de San Antolín de Baíñas. Al igual que Santiago y sus templos adyacentes, San Pedro de Fóra fue destruido tras la campaña de Almanzor, a finales del siglo X. Edificado de nuevo, fue restaurado totalmente hacia el año 1173, tuvo funciones de hospital y hospedería de peregrinos del Camino de Santiago, albergando también un espacio dedicado a dar sepultura a los monjes, pobres y peregrinos que fallecían en sus instalaciones.

Durante los últimos años del siglo XV, en el marco de la reforma de los monasterios impulsada por los Reyes Católicos, el Papa Inocencio VIII ratifica la solicitud de incorporar San Pedro de Fóra, junto a todas sus rentas, al monasterio de San Martín Pinario. La bula papal de 1487 suponía que el monasterio dejaba de existir como abadía y monasterio independiente, no obstante parece ser que la ejecución de la misma no se llevó a cabo inmediatamente y la comunidad religiosa se mantuvo durante unos años más. Sin embargo, en otra bula de enero de 1494, sí se mencionaba como definitiva la incorporación de San Pedro de Fóra a San Martín.

Tras la salida de los monjes a Pinario, San Pedro de Fóra quedaba extinguido como monasterio, manteniendo únicamente algunos capellanes encargados de mantener el culto diario en la iglesia. Las dependencias del Monasterio fueron quedando en estado ruinoso hasta el siglo XIX que desapareció por completo. La iglesia actual de San Pedro conserva algunos restos de la primitiva construcción del antiguo monasterio.