El establecimiento de este Consejo respondió a la situación de emergencia de una Nación en guerra. El 25 de junio de 1809, la Junta Central Suprema Gubernativa del Reino suprimió los consejos, creando en su lugar un nuevo Consejo para ejercer las funciones de todos ellos, especialmente las de los Consejos de Castilla, Indias, Hacienda y Órdenes.

El Consejo y Tribunal Supremo de España e Indias fue suprimido el 16 de septiembre de 1810 por la Regencia, restableciéndose los Consejos de Castilla, Indias, Órdenes Militares y Hacienda. Esta situación se mantuvo hasta la abolición de los Consejos por las Cortes de Cádiz (Decreto de 17 de abril de 1812), y la creación de nuevos organismos: las Secretarías del despacho de la Gobernación de la Península y de Ultramar, el Tribunal Supremo y un nuevo Consejo de Estado, que perdurarán hasta la reposición de los Consejos a su antigua planta, en 1814, por el rey Fernando VII.

Este Consejo y Tribunal Supremo de España e Indias, comúnmente denominado Consejo Reunido, fue una institución excepcional para unos momentos excepcionales.

El fondo documental del Consejo y Tribunal Supremo de España e Indias se custodia en el Archivo Histórico Nacional (Madrid) dónde llegó por transferencia.

Esta documentación, que se hallaba en el archivo de la Secretaría del Despacho de la Gobernación de la Península, fue entregada por el Ministerio de Gracia y Justicia al Consejo de Castilla, a los pocos meses de haber sido restablecido a su antigua planta, en 1814: "Expediente formado en virtud de oficio del Sr. Secretario de Estado y del Despacho de Gracia y Justicia al Sr. Presidente [del Consejo de Castilla], remitiéndole varios papeles que se pasaron a la Secretaría de la Gobernación de la Península quando se creó, y pertenecían al Consejo Reunido de España e Indias actuados en Sevilla y Cádiz desde 1809 a 1812" (AHN, Consejos, 3617).