El establecimiento de este Consejo respondió a la situación de emergencia de una nación en guerra. El 25 de junio de 1809, la Junta Central Suprema Gubernativa del Reino, después de un intento realizado en marzo, suprimió los consejos "ante la turbación y funesto desorden en ella introducido, por la invasión de Madrid, depósito de todos los archivos y oficinas públicas, sirviéndose el artificioso enemigo de los mismos consejos y antiguos tribunales de la Corte, para acreditar, baxo su respetable nombre y conocida autoridad en los países extranjeros, el vano dominio que afecta sobre todo el Imperio español en ambos mundos". Creó en su lugar un nuevo Consejo para ejercer las funciones de todos ellos, especialmente las de los consejos de Castilla, Indias, Hacienda y Órdenes. Como señala Sánchez-Arcilla, este Consejo y Tribunal de España e Indias, comúnmente denominado Consejo Reunido, fue una institución excepcional para unos momentos excepcionales.
En los decretos de creación del Consejo, de 25 de junio de 1809, se estableció su planta, con dos salas de gobierno (una de España y otra de Indias), una de Justicia y dos comisiones, la primera de órdenes militares y la segunda para los "asuntos seculares y provisiones eclesiásticas de España e Indias" (ESTADO,11,A,N.32 y 12.B,N.24).
El funcionamiento de este Consejo, primero en Sevilla y después en Cádiz, siguiendo las incidencias de la guerra, refleja la gestión de una administración en precario. El secretario general del Consejo, ante la necesidad de conocer la situación de los corregimientos y alcaldías, se quejaba, en noviembre de 1809, de la carencia de las "noticias que necesita para el desempeño de su institución por la falta de sus archivos, ocupados por los franceses" (Consejos,13562,N.1).
El Consejo y Tribunal Supremo de España e Indias fue suprimido el 16 de septiembre de 1810 por la Regencia, que restableció a su antigua planta los consejos de Castilla, Indias, Órdenes Militares y Hacienda.
La documentación que se conserva en el Archivo Histórico Nacional, como tal Consejo Reunido, figura en la "matrícula de los papeles del Consejo Reunido de España e Indias, actuados en Sevilla y Cádiz de 1809 hasta 1812".
Llama la atención que esta documentación responda únicamente a las competencias del Consejo y de la Cámara de Castilla y muestre un sistema de trabajo más simplificado, ya que no se aprecia una estructura por escribanías ni por salas. No hemos localizado nada de su gestión referida a Indias, Hacienda y Órdenes, al menos en los documentos identificados hasta ahora.
Otra cuestión relevante es que el cambio legislativo producido en septiembre de 1810, la supresión de este Consejo Reunido y el restablecimiento de los antiguos consejos a su planta, fue algo nominal, al menos en cuanto al Consejo de Castilla y a la Cámara, ya que las series documentales que se inician en 1809 finalizan, en la mayoría de los casos, en 1812, es decir, cuando se suprime el Consejo de Castilla, e incluso algunos meses después del Decreto de las Cortes, de 17 de abril. El cambio legislativo, por tanto, fue únicamente de nombre, ya que las circunstancias adversas de administrar un país en guerra no habían cambiado sustancialmente de 1809 a 1812.
Esta documentación se custodia en la sección de Consejos.
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