La actual Universidad de Alcalá de Henares fue creada en 1977 con el espíritu de enlazar con la tradición universitaria de la ciudad que había contado con la antigua Universidad fundada por Cisneros, pero que tras la desamortización fue primero clausurada, aunque años después se trasladada a Madrid con otro nombre y otras funciones: Universidad Central, luego rebautizada como Universidad Complutense de Madrid. es por tanto una institución de nueva creación.

Aunque ya desde 1293, Alcalá contaba con un Estudio General aprobado por el Rey Sancho IV, originariamente en el Colegio Mayor de San Ildefonso, la Universidad de Alcalá fue fundada por el Regente de España, el Cardenal Cisneros, en 1499 como proyecto educativo absolutamente novedoso. En él se conciliaban los mejores modelos de la tradición de entonces-París y Salamanca_ con aquellos otros más innovadores como Bolonia y Lovaina. El Cardenal Cisneros quiso que esta Universidad, que nacía con la edad Moderna como avanzada en España de las corrientes renacentistas y humanistas de Europa, fuera el crisol donde se educara no sólo el clero regular y secular dispuesto a afrontar la reforma eclesiástica, sino también los nuevos funcionarios competentes que necesitaban los reinos de España. El éxito de aquella empresa hizo que Alcalá se convirtiera en la sede de una aristocracia universitaria que hizo posible nuestro Siglo de Oro.

Durante los siglos XVI y XVII, la Universidad de Alcalá se convirtió en el gran centro de excelencia académica: en sus aulas enseñaron y estudiaron grandes maestros como Nebrija, Tomás de Villanueva, Ginés de Sepúlveda, Ignacio de Loyola, Domingo de Soto, Ambrosio de Morales, Arias Montano, Juan de Mariana, Francisco Valles de Covarrubias, Juan de la Cruz, Lope de Vega, Quevedo, etc. El prestigio de sus estudios, así como de sus maestros, y sus constituciones fundacionales, sirvieron como modelo sobre el que se constituyeron las nuevas Universidades en América.

El siglo XVIII, sobre todo en el último tercio, fue especialmente crítico para los estudios universitarios en España, ya que se vieron sometidos a reformas transcendentales en sus métodos de enseñanza. Sin embargo, es en ese período cuando Melchor de Jovellanos llega a nuestra Universidad y se confiere el grado de Doctora en Filosofía, a la primera mujer que lo recibe en España, Maria Isidra de Guzmán y de la Cerda.

Trasladada a Madrid a mediados del siglo XIX, como resultado del proceso de desamortización, la aspiración de recuperación de la Universidad de Alcalá se mantuvo viva desde entonces gracias a la Sociedad de Condueños. El aliento de los alcalaínos, el prestigio de su pasado, la recuperación de la memoria histórica y el nuevo impulso que dio a la educación en España la transición democrática, hicieron posible que en 1977 volviera a abrir sus aulas la Universidad de Alcalá. Desde entonces hasta la fecha, el esfuerzo colectivo y el tesón de sus gestores han hecho posible recuperar su patrimonio intelectual, cultural y arquitectónico. La singularidad del modelo universitario, la aportación histórica a las letras y a las ciencias, a la belleza y riqueza de sus edificios ha hecho que el 2 de Diciembre de 1998, la UNESCO declarara la Universidad de Alcalá, Patrimonio de la Humanidad.