El convento se funda por deseo de Rodrigo Ocampo, Comendador de la Orden de Santiago, y su esposa Leonor de Cáceres para cumplir una promesa hecha a la virgen de los Angeles. La construcción comienza en 1538 aunque poco después mueren los dos miembros del matrimonio.

Dos religiosas se hacen cargo de la empresa y se empeñan en que el convento se acabe. Corren con parte de los gastos pero consiguen que la comunidad se instale en 1540.

En ese momento profesan la tercera orden, hasta 1567 cuando obtienen bula papal de Pio V que las permite pasar a la regla de Santa Clara.

En el siglo XVII la situación del convento ya era precaria. Dependían económicamente de las limosnas de los vecinos y de la caridad de los prelados.

En este estado llegan al siglo XIX. Al llegar la Guerra de Independencia las religiosas clarisas fueron expulsadas. Se instalan en el Convento de las Comendadoras de Santiago de Granada para pasar después al de Santa Isabel la Real, de su misma orden.

Al acabar la guerra descubren que el convento ha quedado totalmente destruido. No pueden regresar sin antes hacer la reconstrucción de la casa.

Al no vivir en el convento y mientras buscan la manera de encontrar financiación para llevar a cabo las obras, el edificio sale a subasta tras la aplicación de los decretos de exclaustración de Mendizabal de 1835. En 1837 ya pertenece a un propietario particular que tenía intención de derruirlo. Aunque finalmente no se hace, se le dan nuevos usos al edificio, como ocurre en torno a 1847 cuando se usa como fábrica de tejidos, lo que afectó notablemente a las piezas históricas que había en el convento.

Estas circunstancias evitan la pérdida total del convento y da tiempo a las monjas a reunir la cantidad suficiente para poder recuperar la casa y hacerse cargo de las obras de restauración. De este modo comienzan la restauración en el año 1863. Se alargarían hasta 1893 cuando, al fin, las clarisas puede volver a su covento.

Desde entonces no han vuelto a salir de la casa y en ella residen en la actualidad una comunidad de doce religiosas.