En 1573 Francisco Sánchez y el padre Cueva promovieron un beaterio franciscano en la ciudad.

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Inaugurado con la colaboración de dos hermanas beatas de Palencia que se instalaron inicialmente en unas casas colindantes que habían donado unas devotas. Pronto dejarían atrás las penurias económicas debido a la gran devoción que levantó en Trujillo este convento. El obispo de Plasencia y a Martín de Córdoba y dieron licencia el 18 de agosto de 1574 para levantar en nuevo edificio.

Entraron a vivir junto con nobles doncellas en su nuevo alojamiento el 8 de septiembre de 1574, bendiciéndose el 29 de ese mismo mes bajo la advocación de San Antonio de Padua. El templo tardó dieciséis años más en ser finalizado.

La fecha de fundación es del 6 de septiembre de 1574 por Martín de Córdoba y Mendoza, Obispo de Plasencia. Vineron religiosas de las Descalzas Reales de Madrid.

A partir de 1629 que se instala el convento de la merced ocurren problemas de convivencia entre las dos comunidades.

Contaron con donaciones de Ana de Austria y Felipe II, Felipe III, Felipe IV, el concejo trujillano y el obispo placentino entre otros.

Se destruyó parte del convento durante la invasión francesa, pero a pesar de la belicosidad nunca estuvo cerrado, pues algunas monjas se negaron a abandonarlo.

Por el clima de antirreligioso que se respiraba a consecuencia de la proliferación de la masonería y los decretos de Mendizábal tuvieron que partir las religiosas a cobijarse en el convento de Santa Clara.

El inmueble fue vendido por vía judicial.

En el inmueble se encuentra actualmente el Hotel Izán Trujillo.

Los restos de pintura al fresco que se conservan datada de la segunda mitad del siglo XVI, de autor desconocido, posiblemente las propias monjas del Convento. Las pinturas al fresco fueron restauradas por doña María de los Ángeles Guzmán Tejero en el año 2001. Otras pinturas del convento de San Antonio reflejan la presencia de la monja venerable Sor Mariana de Jesús en las habitaciones del convento, son uno de los escasos ejemplos pictóricos religiosos de la Alta Extremadura.