Archiduquesa de Austria; princesa y reina de Francia, princesa de Asturias, duquesa de Saboya y regente y gobernadora de los Países Bajos. Hija de María de Borgoña y Maximiliano I. Huérfana de madre a una corta edad, por el Tratado de Arrás de 23 de diciembre de 1482 se acordó su matrimonio con el delfín de Francia, el futuro Carlos VIII. Se trasladó a la corte francesa donde recibió una esmerada educación. El matrimonio se rompió cuando Carlos VIII decidió incorporar el ducado de Bretaña a la Corona francesa mediante su unión con la titular del mismo, Ana de Bretaña. Repudió entonces a Margarita que regresó a la corte de Bruselas. Se convirtió entonces en una pieza esencial para la política anti francesa de Maximiliano I que acordó con los Reyes Católicos los dobles matrimonios entre los archiduques y el príncipe don Juan y la infanta Juana. El matrimonio entre Margarita y Juan fue fugaz, debido a la pronta muerte del heredero de la Monarquía, al que siguió la pérdida de la hija que había tenido con el príncipe. Volvió nuevamente a los Países Bajos, aunque pronto contrajo nuevo matrimonio con el duque de Saboya, Filiberto II. Viuda de nuevo en 1504 decidió no volver a contraer nuevo matrimonio.

Tras la muerte de Felipe el Hermoso, y a causa de la situación de Juana, Maximiliano encomendó a Margarita la regencia de los Países Bajos que tuvo a su cargo hasta 1515, momento en que se declaró la mayoría de edad de Carlos V. En esa situación fue una de las personas más destacadas en la formación y educación de futuro emperador. Tras la muerte de Maximiliano, su intervención fue decisiva en el proceso de elección imperial, mediante la reunión de fondos económicos pero también negociando los votos esenciales para que esta recayese en Carlos. Tras el éxito de la elección Carlos nombró a su tía gobernadora de los Países Bajos, un cargo que mantuvo hasta su muerte. Se hizo cargo de la educación de la hija natural de Carlos, Margarita de Austria, futura duquesa de Parma, e hizo lo propio con la descendencia de Isabel de Austria y Cristián II de Dinamarca.