No existen fuentes documentales directas que permitan datar con exactitud la fundación del Monasterio de San Pedro de Cardeña. Situado en un valle cercano a la villa de Cardeñajimeno, hay historiadores benedictinos que lo consideran como el primero de esta orden fundado en España, otros investigadores establecen que existía desde el siglo VI e incluso los hay que remontan su origen a época visigoda.

Existe una compra-venta y donación que se registra en el Becerro Gótico de Cardeña (899-1085) pero no está consignada la escritura fundacional. Se trata de una donación hecha por el conde castellano Gonzalo Téllez a este lugar en el año 902, aunque tres años antes, parece que fue restaurado por el rey Alfonso III el Magno.

Dos hitos históricos suelen destacarse en su historia. El primero, en el año 934, cuando doscientos de sus monjes fueron martirizados por las tropas musulmanas de Abderramán III. Canonizados en 1603, los conocidos como Mártires de Cardeña hicieron que el monasterio adquiriera gran popularidad y una constante afluencia de devotos, entre ellos el rey Felipe III (1578-1621) y su esposa Doña Margarita de Austria.

El otro episodio célebre se enmarca en la segunda mitad del siglo XI cuando el monasterio alcanza su mayor esplendor, en la etapa del abad San Sisebuto. Según el Cantar de mio Cid y las tradiciones posteriores, antes de marchar al destierro ordenado por el rey Alfonso VI en el 1081, Rodrigo Díaz de Vivar, El Cid Campeador, dejó en San Pedro de Cardeña, al amparo del abad, a su esposa Doña Jimena y a sus hijas, aunque este hecho no está atestiguado por pruebas históricas.

Durante el siglo XII, durante un breve espacio de tiempo, pasó a pertenecer, como priorato, a la Abadía de Cluny y ya desde el siglo XIII formó parte de la Congregación Benedictina Claustral de la provincia de Toledo, hasta su incorporación a la Congregación Observante de San Benito de Valladolid en 1502, en la que se mantuvo hasta 1835.

Desde que la desamortización de Mendizábal acabó con la comunidad religiosa benedictina, hasta 1942, el Monasterio pasó por diversas vicisitudes. En 1880 una comunidad trapense ocupa el monasterio, en 1888 los Escolapios los suceden, posteriormente los capuchinos de Toulouse se instalan desde 1905 hasta 1921 y durante la Guerra Civil llegó a convertirse en campo de concentración de prisioneros republicanos.

Tras un primer intento en 1933, son monjes cistercienses de la OCSO (Orden Cisterciense de la Estrecha ObservanciaI, procedentes de San Isidro de Dueñas (Palencia), los que consiguen recuperar la vida monástica desde 1942 hasta la actualidad. Elevado a priorato el 1 de octubre de 1945, le otorgaron la autonomía el 30 de enero de 1946. Consolidada la comunidad cisterciense definitivamente en el monasterio logró, en 1948, el título de abadía.

El Monasterio de Cardeña es célebre por la cultura y el arte que alumbró entre los siglos X y XI a través de su famoso Scriptorium, foco de difusión de los textos benedictinos por excelencia. Entre los más relevantes: Biblia Visigoda de Cardeña, Biblia de Burgos, Beato de Liébana, Beato de Cardeña y el Libro de los Diálogos de San Gregorio Magno, obras que alcanzaron gran popularidad y enorme influencia en la cultura y literatura religiosas de la Edad Media.