La abadía de Cluny fue fundada el 11 de septiembre de 910 por Guillermo el Piadoso, duque de Aquitania, cerca de Mâcon (Borgoña, Francia). Dedicada a los santos Pedro y Pablo, fue puesta de esta manera por el fundador bajo la protección directa de la Santa Sede, quedando así exenta de cualquier tipo de injerencia por parte de los nobles de su entorno (libertad para elegir y nombrar abad) y del prelado diocesano (exención jurisdiccional).

Con el abad Bernon a la cabeza, el nuevo monasterio trató de impulsar y perfeccionar la reforma que un siglo antes había llevado a cabo Benito de Aniano (750-821) en los monasterios del Imperio con el apoyo de Carlomagno y Ludovico Pío. No obstante, con el tiempo se introdujeron una serie de costumbres, especialmente en lo tocante a la liturgia, ajenas a la regla de san Benito, como el aumento del tiempo dedicado al oficio de las horas, la celebración de dos misas diarias, el crecimiento del número de fiestas y solemnidades y la conmemoración de los difuntos.

Durante los siguientes abadiatos (Odón, Aymar, Mayol, Odilón y Hugo) la reforma emprendida en Cluny se extendió a numerosos monasterios, favorecida por los importantes privilegios recibidos de los pontífices, como el de exención (confirmado en 998, fue ampliado a todas las casas cluniacenses en 1024). Muchos monasterios benedictinos adoptaron los usos y costumbres cluniacenses, pero el propio Cluny fundaría a su vez sus propios monasterios y, gracias al papa Juan XI (931), reformó otros ya existentes; además, los propietarios y patronos de antiguos o recientes cenobios se los cedieron a perpetuidad con todos sus derechos. Todos estos prioratos (sólo unos pocos monasterios mantuvieron el estatus de abadía), conformaron una red de centros monásticos extendidos a lo largo de toda Europa que dependían directamente del gobierno del abad de Cluny y que a la muerte del abad Hugo I (1109) alcanzaban un número cercano al millar: la Ecclesia Cluniacensis.

Poco a poco esta 'congregación' fue adquiriendo una estructura muy organizada, con unas consuetudines y unos statuta bien definidos, un Capítulo General, un sistema de visitas a las distintas casas para velar por la correcta observancia de la Regla, la agrupación en provincias de las distinta abadías y prioratos, el nombramiento de superiores por el abad de Cluny, la confirmación de la profesión de los monjes en la abadía borgoñona, etc. De ese modo, en torno a 1200, ya se puede dar por constituida como tal la Cluniacensis Ordinis.

Durante la Baja Edad Media, al igual que otras órdenes monásticas, una profunda crisis asoló la Orden cluniacense: intromisión de poderes temporales en los nombramientos abaciales, descenso importante del número de monjes, desafección de los monasterios más alejados de Cluny, problemas económicos, epidemias, el nacimiento de nuevas formas de vida religiosa, etc. El advenimiento de la época moderna, con la aparición de abades comendatarios y las guerras que asolaron Europa, tampoco trajo la recuperación de la orden, aunque a finales del siglo XVIII se produjo una importante reforma de la observancia. Sin embargo, el 13 de enero de 1790, en el curso de la Revolución Francesa, la Orden de Cluny fue suprimida .

Cluny y España.

Los primeros contactos entre monasterios hispanos y Cluny se produjeron ca. 1030, en tiempos de Sancho Garcés III de Pamplona, y algunos cenobios como San Juan de la Peña, Irache, San Millán de la Cogolla u Oña adoptaron los usos cluniacenses pero adaptándolos a la tradicional liturgia hispana. Tanto aquel monarca como su hijo Fernando I concedieron importantes dádivas a la abadía borgoñona, pero no fue hasta 1073 que se fundó el primer priorato cluniacense en la Península Ibérica.

En efecto, el 29 de mayo de dicho año Alfonso VI donaba a la abadía de Cluny el monasterio palentino de San Isidro de Dueñas. Desde entonces y hasta 1081, le entregó otros seis monasterios, aunque solo llegaron a perseverar Santiago del Val, Nájera y Santa Coloma de Burgos. La reina Urraca I de León le donó Pombeiro, San Martín de Frómista y Santa María de Villafranca del Bierzo (1120) y su hijo Alfonso VII San Vicente de Salamanca, Sahagún y Cardeña. Estos dos últimos, que ya anteriormente habían sido entregados sin éxito a Cluny, aunque acogieron sus usos y costumbres, no llegaron a ligarse jurídicamente a él. Fernando II de León donó Santa Agata de Ciudad Rodrigo y Fernando III San Lorenzo de Villalpando. También el estamento nobiliario contribuyó a aumentar la familia cluniacense: San Zoilo de Carrión, San Pedro de Casserres, San Martin de Xubia, San Salvador de Cornellana, San Adrián de Valdoluengo, etc. De este modo, a mediados del siglo XIII la Ecclesia Cluniacensis contaba en la provincia de Hispania con cerca de treinta prioratos, manteniendo el estatus de abadía únicamente Cornellana. Un camerarius residente desde mediados del XII en la Península, bien en Carrión, bien en Nájera, gobernaba y supervisaba los prioratos hispanos en nombre del abad de Cluny.

Desde finales del siglo XIII los prioratos cluniacenses hispanos comenzaron a mostrar síntomas de decadencia económica, especialmente debido a la enajenación de propiedades por parte de los nobles locales y de las villas en las que tenían tierras o percibían rentas de ellas, pero también por una mala gestión de los recursos. Durante los siglos XIV y XV la situación se agravó: algunos monasterios se desvincularon de Cluny, otros quedaron en manos de encomenderos y, más tarde, de abades comendatarios, descendió sustancialmente el número de monjes, menoscabo de la vida regular, disminución de los ingresos con el consiguiente endeudamiento, etc.

La reforma de las órdenes religiosas emprendida por los Reyes Católicos y continuada por Carlos I abrió el camino para que estos prioratos se desvinculasen de Cluny y se integrasen en la Congregación de San Benito de Valladolid y la Congregación Claustral Tarraconense-Cesaraugustana, que encabezaron la reforma del monacato benedictino en las coronas de Castilla y Aragón, respectivamente.