El Tribunal de Cuentas es un Órgano Constitucional del Estado, previsto en el artículo 136 de la Constitución Española -y también en su artículo 153.d)- que goza de una riquísima historia. El término Contador Mayor de Cuentas, al menos, se venía aplicando de forma común a nuestra Institución desde mediados del siglo XIV y, por extensión, al oficium de los Contadores Mayores se le llamaba Contaduría Mayor de Cuentas. El nombre de Tribunal de la Contaduría Mayor de Cuentas se utilizó desde mediados del siglo XVI. No es hasta el año de 1828 cuando se cambia a Tribunal Mayor de Cuentas eliminando específicamente la palabra Contaduría de su título, aunque hay que decir que durante todo este tiempo, según unas leyes u otras, se alternan los tres términos e incluso la denominación de Tribunal de Cuentas. Se llamó Tribunal de Cuentas del Reino desde 1851, por Ley de 25 de agosto de 1851, en la cual se establece como órgano para la revisión y aprobación de todas las cuentas del Reino, tanto en la Península como Ultramar. La Ley de 25 de junio de 1870 le reconoció categoría de Supremo Durante el periodo de 1871 a 1873 pasa a llamarse Tribunal de Cuentas de la Nación al eliminarse todo símbolo monárquico del Estado. Desde esa fecha se recupera el nombre de Tribunal de Cuentas del Reino hasta el año 1924 en que se denominó Tribunal Supremo de la Hacienda Pública e Intervención General. En 1930 se vuelve a llamar Tribunal de Cuentas del Reino y en octubre del año 1931, Tribunal de Cuentas de la República. A partir de su constitución en 1940 se llama de nuevo Tribunal de Cuentas, aunque desde 1953 alterna este título con el de Tribunal de Cuentas del Reino, nombre que pasa a ostentar desde 1961. La Constitución 1978 establece el nombre de Tribunal de Cuentas, respeta y conserva la tradición histórica del Tribunal y en su desarrollo se promulgó la Ley Orgánica 2/1982, de 12 de mayo, reguladora de la Institución. Asimismo, para establecer el funcionamiento del Tribunal, y según el mandato de la Ley Orgánica, se dicta en 1988 la Ley número 7, de 5 de abril. En síntesis, el Tribunal de Cuentas rige su actividad, además de por la Constitución, por las llamadas, para abreviar, «Ley Orgánica» y «Ley de Funcionamiento». La Carta Magna española y las Leyes Orgánica y de Funcionamiento definen al Tribunal de Cuentas como el supremo órgano fiscalizador de las cuentas y de la gestión económica del Estado, así como del Sector Público, sin perjuicio de su propia jurisdicción, y dejando a salvo las atribuciones fiscalizadoras de los Órganos de Control Externo de las Comunidades Autónomas, le sitúan en la órbita del Poder Legislativo con dependencia directa de las Cortes Generales - aunque no sea un órgano propio del Parlamento Nacional-, disponen para sus doce miembros - los Consejeros de Cuentas, designados seis por el Congreso de los Diputados y seis por el Senado- las mismas independencia, inamovilidad e incompatibilidades que los jueces, y distinguen con absoluta claridad las dos funciones que se le encomiendan - las que en él son tradicionales-, la fiscalizadora y la jurisdiccional.

Segun las leyes de 1851 y 1870 se organiza el Tribunal con un presidente, un fiscal, y nueve magistrados, que se distribuyen en tres Salas: dos para la Península, y una para Ultramar. Por debajo de los magistrados, los Contadores de Cuentas son el primer escalón del proceso de fiscalización en cada una de las Salas. A la de Ultramar, eran remitidas anualmente todas las cuentas de Cuba, Puerto Rico y Filipinas. El personal lo completaban un secretario general, un teniente fiscal, dos abogados, un archivero y auxiliares.

En la actualidad, esta es su organización:

Para la realización de toda su actividad, la Ley Orgánica, con desarrollo en la de Funcionamiento, estructuró el Tribunal de Cuentas en los siguientes órganos: el Presidente, el Pleno, la Comisión de Gobierno, la Sección de Fiscalización, la Sección de Enjuiciamiento, los Consejeros de Cuentas, la Fiscalía y la Secretaría General. Hay, además de los relacionados, órganos de apoyo del Tribunal y otros órganos que actúan en el mismo: el Interventor, el Gabinete Técnico y el Servicio Jurídico del Estado.

El Tribunal de Cuentas del Reino conservó su documentación en su propio archivo de Madrid, hasta que por falta de espacio decidió la desmembración de sus fondos, remitiendo la documentación peninsular mas antigua al Archivo Central de Alcalá de Henares y la ultramarina a este Archivo General de Indias. Los fondos comienzan a enviarse aquí el 25 de abril de 1932, pero la falta de espacio, tambien en éste Archivo, hace que se interrumpa la recepción de remesas, quedando incompletos los fondos de Puerto Rico y Cuba, y casi totalmente inexistente los de Filipinas. El incendio del Archivo Central de Alcalá en 1939 hizo que desapareciera la documentación peninsular antigua remitida allí por el Tribunal. La documentación restante que había quedado ubicada en el depósito de la calle Princesa de Madrid se quemó igualmente durante la guerra. Todas estas circunstancias hacen irrecuperable la unidad de los fondos de esta institución, no solo de las salas peninsulares, totalmente perdidos los anteriores a 1903, sino tambien los de la sala de Ultramar, que no habían sido remitidos toalmente. Asimismo cabe calificar de providencial la decisión de enviar a este Archivo de Indias los fondos ultramarinos, decisión que puede calificarse de errónea archivísticamente hablando, pero que salvó al menos la documentación que se conserva en esta Sección. De modo que los fondos que se conservan del Tribunal de Cuentas actualmente son: los que hay en su Archivo de la calle Fuencarral, con una antiguedad máxima referida a 1903; y los que se hallan en el Archivo General de Indias, referentes a Ultramar, que se remontan a 1862 para Puerto Rico, y 1851 para Cuba.