Las instituciones del Gobierno de Fernando VII siguieron las distintas fases de la guerra. Se refleja la actuación de los consejos (de Castilla, Indias, Inquisición y Cámara de Castilla) en la fase inicial de la contienda, hasta que fueron suprimidos por Napoleón en los decretos de Chamartín, del 4 de diciembre de 1808. Se han identificado las instituciones que actuaron en representación del Rey (Junta Central Suprema Gubernativa del Reino y el Consejo de Regencia) y los organismos que surgieron para hacer frente a la gestión de los asuntos en un periodo de guerra, como el Consejo y Tribunal Supremo de España e Indias (Consejo Reunido), con sedes sucesivas en Cádiz y Sevilla. Se puede estudiar la actuación de las Cortes de Cádiz y de los organismos creados por la Constitución, como las secretarías del Despacho de la Gobernación de la Península y de Ultramar y el Consejo de Estado.
Finalmente, otro fondo resulta imprescindible para documentar nuestra Guerra de la Independencia, desde el punto de vista militar: el Depósito de la Guerra.
José I se vio obligado a poner en pie un nuevo sistema administrativo, diseñado en el Estatuto de Bayona, en muchos casos con medios insuficientes. Para tramitar los asuntos pendientes del Consejo de Castilla, se crearon unas juntas de Negocios Contenciosos y se desarrollaron nuevos ministerios, como los de Hacienda, Justicia, Negocios Eclesiásticos, Interior o el de Policía General. En el diseño de la Administración territorial desempeñó un papel decisivo la Comisaría Regia de Andalucía.
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