Los fondos ministeriales que se han identificado en el proyecto llegaron al Archivo Histórico Nacional junto con la documentación del Consejo de Castilla. Es de suponer que, dado que los ministerios establecidos por José I absorbieron entre 1809 y 1814, en la zona dominada por su Gobierno la potestad administrativa y política que ejercía hasta entonces el Consejo de Castilla, al desaparecer en 1814 los ministerios y ser el Consejo de Castilla restablecido por Fernando VII en 1814, la documentación generada por los ministerios josefistas volvieran a dicho Consejo, y fuera ésta la razón de estar instalados en la misma sede.
La aportación más trascendental desde el punto de vista institucional de la ocupación francesa en España entre 1808 y 1814 es la implantación de la estructura ministerial, que sentará las bases para la progresiva desaparición del complejo sistema polisinodial de los consejos. El propio José I firmó en enero de 1809 desde Burgos el Decreto de supresión del Consejo de Castilla, que sería restablecido en 1814, tras la vuelta de Fernando VII. La Constitución de Bayona de julio de 1808 ya contemplaba la creación de los ministerios de Negocios Extranjeros, Justicia, Negocios Eclesiásticos, Hacienda, Guerra, Marina, Indias, Interior y Policía General. Pero no será hasta el 7 de febrero de 1809, después de la segunda entrada en Madrid de José Bonaparte, cuando éste firmaría el Real Decreto sobre organización y atribuciones de los ministerios.
Actualmente estos fondos se custodian en la sección de Consejos del archivo.
Este Real Decreto encarga al Ministerio de Cultos o Negocios Eclesiásticos las siguientes competencias: los proyectos relativos al ejercicio de la religión; el examen de todos los rescriptos, bulas y breves de la Corte Romana antes de que se publiquen en el Reino; la expedición de reglamentos y órdenes para el pago de los ministros del culto, asalariados por el Estado; los proyectos para la demarcación de parroquias y ayudas de parroquia; los asuntos concernientes a los seminarios, a todas las comunidades religiosas y a las casas de caridad; todo lo relativo a fábricas de las iglesias, aceptación de las fundaciones y obras pías, establecimiento de seminarios, ordenaciones, precedencias que se hayan de observar en las iglesias y temporalidades.
Esta documentación se custodia en la sección de Consejos.
La creación del Ministerio del Interior es una de las innovaciones más destacables del reinado de José Napoleón I en España. El establecimiento definitivo de un Ministerio que agrupase todo lo concerniente al Gobierno interior del Reino no se dio hasta noviembre de 1832, cuando fue su titular Javier de Burgos. El Real Decreto de 6 de febrero de 1809 estipula las facultades de este Ministerio del Interior, que tenía como principal misión absorber la potestad administrativa y política que hasta aquel momento todavía había ejercido el Consejo de Castilla, disuelto ya por Napoleón. Las competencias del nuevo Ministerio josefista eran las siguientes: presentación al Soberano de cuanto es relativo a la Administración central del Reino y a la Policía Municipal de los pueblos; la presentación de los candidatos para los empleos y plazas de la Administración civil en las provincias y en la capital; la propuesta de todas las leyes, decretos y reglamentos sobre las prisiones civiles de arresto, de justicia y reclusión; el cuidado de los hospitales civiles, casas de misericordia y de todos los establecimientos hospitalarios y de beneficencia; la construcción y conservación de caminos, puertos mercantes, puentes, canales, calzadas y otras obras públicas; las minas, minerías y canteras; la navegación interior, conducción de balsas o almadías y sirga de barcas; la agricultura, casa de monta, los depósitos de caballos padres, los viveros y crías de ganados; las desecaciones de pantanos y los desmontes; el comercio interior y exterior; la industria, las artes, las fábricas, las manufacturas, acerías, premios y fomentos; propone el Rey cuanto pertenece a la conservación de los muladares y las medidas de sanidad; las fiestas públicas y el establecimiento y progreso de los teatros; las pesas y medidas; la formación de los estados de la población y cuanto se refiere a estadística y a la economía pública; arregla conformándose a las leyes, decretos y decisiones ordenadas por el Soberano, sobre su proposición cuanto se relaciona con los productos territoriales, pescas y costa y grandes pesquerías marítimas; propone cuanto concierne a la formación y organización de las academias sabias y todo establecimiento literario; somete al Rey lo pertinente a los establecimientos de instrucción pública, de artes y oficios; propone todas las leyes y decretos relativos a la fijación de límites de las diversas provincias y pueblos, así como su reunión, si conviniere hacerse; el derecho de ciudad y la naturalización de los extranjeros, pronunciado por el Soberano de acuerdo con el Consejo de Estado, lo es a tenor de las resoluciones y proposiciones hechas por el Ministerio del Interior; comprenden las atribuciones de éste cuanto concierne al establecimiento y conservación de los caminos transversales; igualmente resuelve sobra la transacción y división de los bienes comunales de los pueblos, la liquidación de las deudas de éstos, los recursos y autorizaciones para vender, comprar, prestar y contratar a largo plazo, cambiar y cualquier disposición de esta naturaleza propuesta por la Administración civil de dichos pueblos; el régimen y método de las cárceles; y el reemplazo y la destitución de los empleados del propio Ministerio del Interior.
Dada la enorme cantidad de competencias gobernación, presidencia, obras públicas, agricultura, industria, comercio, educación, cultura, marina, justicia, hacienda, asuntos exteriores es fácil entender la necesidad que hubo de su estructuración interna. En principio, se distribuyeron los negocios del Ministerio en cinco secciones, cada uno bajo la dirección de un jefe. Además, como dependientes del Ministerio y en calidad de organismos centrales, tendríamos los establecimientos siguientes: la Contaduría General de Propios del Reino, la Contaduría General de Pósitos, la Dirección General de Caminos, el Canal de Guadarrama, el Real Gabinete de Historia Natural, el Real Jardín Botánico, el Conservatorio de Artes y Oficios, el Consejo de Sanidad Pública, la Real Academia de San Fernando, los Reales Estudios de San Isidro, el Colegio de Cirugía de San Carlos, el Colegio de Farmacia, el Estudio de Medicina y la Escuela Veterinaria de Madrid, la Real Academia de la Lengua Española y la de la Historia, la Real de Medicina, la Junta Gubernativa de Medicina y la de Farmacia, la Junta de Cirugía, el Real Observatorio Astronómico, la Biblioteca Real, la Junta de Instrucción Pública, la Sociedad Económica de Madrid, la Real Sociedad Aragonesa, el Seminario de Nobles, las Universidades de Alcalá de Henares, Salamanca y Valladolid, el Archivo de Simancas, las Reales Escuelas de Química y Mineralogía, el Real Museo de Pinturas, el Real Colegio de Santa Isabel, el de San Antonio, de Madrid, y el de Lavapiés, el Colegio de Sordomudos, la Real Fábrica de Cristales, los Reales Almacenes de Cristales, la Junta de Comercio y Moneda, la Dirección de Teatros, aparte de las dependencias provinciales de ámbito madrileño, como la Prefectura y la Contaduría Principal de Propios.
De las secciones en que se dividió el Ministerio de Interior de José I Bonaparte, en el Archivo Histórico Nacional se conservan series documentales dependientes de la Sección Primera Administración Civil y Obras Públicas, Sección Tercera Agricultura, Artes y Comercio y Sección Cuarta Contabilidad.
Esta documentación se custodia en la sección de Consejos.
Según el Real Decreto de 6 de febrero de 1809 sobre organización de los ministerios josefinos, correspondía al de Hacienda las siguientes atribuciones: la correspondencia, fijación, repartimiento y cobranza de las contribuciones de toda especie; la administración de todas las cajas públicas; la de las rentas reales, lotería, bienes patrimoniales o incorporados a la Corona, aduanas, Correos, sal, tabaco, plomo y demás estancos y las casas de la Moneda; el pago de la deuda pública o inspección de la Caja de Consolidación; el abono de las pensiones civiles y eclesiásticas; el pago de los sueldos de aquellos cuerpos que no estuviesen dotados con fincas; la dirección del Tesoro Público; la autorización del pago de los libramientos que cada Ministerio expida sobre la Tesorería, en virtud de presupuestos y de los abonos que les están mandados efectuar; la propuesta para agentes del Tesoro Público; las diligencias para cobrar los fondos que pertenecen a dicho Tesoro.
La documentación generada por el Ministerio de Hacienda de José I conservada en el Archivo Histórico Nacional corresponde, casi en su totalidad, a una de sus direcciones generales, la Comisaría General de Cruzada. Aunque pudiera parecer que este organismo debía haber girado en torno al Ministerio de Negocios Eclesiásticos, de reciente creación, lo cierto es que se adscribió al Ministerio de Hacienda desde los primeros años del reinado de José I, y del departamento hacendístico dependerían también todos los colectores del subsidio y subdelegados de la cruzada, así como sus administradores y tesoreros provinciales.
Regentada por Juan Antonio Llorente que además era consejero de Estado, la Comisaría General de Cruzada era un organismo de bastante complejidad. Su misión principal era la de administrar la regalía de bulas, que se apropiará la Monarquía de José Bonaparte.
Esta documentación se custodia en la sección de Consejos.
El Real Decreto de 6 de febrero de 1809 asignaba al Ministerio de Policía la proposición de medidas necesarias para la seguridad general del Estado, disposiciones de Alta Policía y reglamentos para el buen orden y la tranquilidad pública y, en particular, lo concerniente al régimen de pasaportes. También competiría a este Ministerio la policía interior de las prisiones y la censura de los periódicos. Pablo de Arribas, fiscal de la Sala de Alcaldes de Casa y Casa y Corte fue la persona elegida por José I para desempeñar el cargo de ministro de la Policía del Reino. Entre los fondos generados por este Ministerio josefista conservados en el Archivo Histórico Nacional, destacan unos libros registro de pasaportes de la Sección de Inquisición.
Esta documentación se custodia en la sección de Inquisición.
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