José Napoleón, para afrontar la continuidad de la administración de justicia provisionalmente, hasta acometer la reforma de los tribunales, determinada por la Constitución de Bayona, estableció, por Decreto de 6 de febrero de 1809, dos juntas de Jueces, para decidir los negocios contenciosos que se hallaban pendientes en el Consejo Real, suprimido el 4 de diciembre de 1808. Los asuntos administrativos y de gobierno que pendían en aquel tribunal debían ser remitidos a los ministerios correspondientes por dichas juntas.
El 8 de febrero, fueron nombrados jueces de la nueva institución miembros de los consejos de Hacienda, Órdenes y de la Sala de Alcaldes de Casa y Corte. El 26 de septiembre se completó la planta con el nombramiento de José Marquina, del extinguido Consejo y Cámara de Castilla.
Estas juntas de Negocios Contenciosos se instalaron en los mismos locales del Consejo de Castilla, con el personal subalterno del Consejo. El que fue nombrado escribano de gobierno Bartolomé Muñoz, que lo había sido del extinto Consejo del Consejo de Castilla, significó una continuidad en el modo de trabajar de la nueva institución y una garantía de integridad de los archivos del antiguo Consejo.
El volumen de trabajo se vio incrementado ampliamente cuando tuvieron también que asumir los negocios contenciosos pendientes de los restantes consejos, abolidos por el Decreto de 18 de agosto de 1809. A través del expediente que se formó en las juntas (Consejos,51585), se puede estudiar la situación en que se hallaban los consejos de Órdenes, Hacienda, Junta de Comercio y Moneda y de la Suprema Junta de Correos.
La administración de la justicia, en el entorno tan precario de recursos que caracterizó a la Administración josefina, no estuvo exenta de dificultades, como se plasma en el Decreto de 10 de diciembre de 1811, por el que las juntas de Negocios Contenciosos quedan autorizadas a admitir y determinar todos los recursos de injusticia notoria.
En 1812 tiene lugar la anunciada estructuración de los tribunales del Reino, creándose el Tribunal de Reposición de Corte (Decreto de 21 de junio) establecido en la Constitución de Bayona. Aunque este Decreto suponía la desaparición de las juntas de Negocios Contenciosos, éstas siguieron funcionado, aun con recorte de personal, hasta el 10 de agosto de 1813 en que entraron las tropas aliadas, según consta el libro matrícula de las juntas.
Esta documentación se custodia en la sección de Consejos.
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