Al producirse la invasión francesa, la Inquisición se comportó de manera semejante a otros organismos administrativos como el Consejo de Castilla, es decir, con aceptación de la situación creada y sumisión al poder de Joaquín Murat, lugarteniente del Reino. Tras el levantamiento del dos de mayo, el Consejo de la Inquisición envió una circular a los tribunales de distrito para que fomentaran, por todos los medios posibles, la paz con las tropas francesas. Sin embargo, Napoleón decretó el 4 de diciembre de 1808 la extinción de la Inquisición. La abolición sólo tuvo lugar en aquellas zonas ocupadas por los franceses, por lo que hubo tribunales que siguieron funcionando con normalidad como los de Murcia, Valencia o Mallorca, y el Consejo se refugió en Cádiz.
En el otro bando, la Inquisición fue objeto de un agrio debate entre enero y febrero de 1813, que acabó con la aprobación del Decreto de su abolición el 22 de febrero de 1813. Así pues, desde esta fecha, dejaba de existir la Inquisición en todo el país, hasta que el regreso de Fernando VII de su cautiverio la reinstauró el 21 de julio de 1814.
Teniendo en cuenta este irregular desarrollo cronológico y geográfico, el Archivo Histórico Nacional conserva los testimonios escritos de la Inquisición durante esta época convulsa, como son las cartas cruzadas entre el Consejo y los tribunales, los procesos de fe e informaciones genealógicas abiertos en la zona no ocupada por las tropas galas, las cuentas de varios tribunales y sus diversos registros y libros copiadores, etcétera. Todo ello, nos permite seguir las interrupciones de la Inquisición motivadas por los sucesivos decretos de supresión, la ocupación de sus sedes por los ejércitos franceses, la huida de los inquisidores y el incendio de sus palacios.
Esta documentación se custodia en la sección de Inquisición.
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